而土工膜的鋪設基礎在長期的使用下是允許一定的沉降的，這也是因為土工膜的鋪設基礎大部分是回填的夯實土層，也有一部分使用的是混凝土或砂漿水泥類的基礎，無論是哪種基礎都不可避免的容易受到沉降的影響，而受到影響最大的是土質基層。

　　而短期的沉降也是會發生的，這種沉降對于防滲基礎的安全也是不可控的，在不同的位置沉降也是有不同的指標，普通連續基層的沉降允許的最大沉降差值不應大于三十毫米，這種差值不能連續出現在八百毫米的范圍內。

　　如果出現在迎水面或者外貼復合防水層這種地方，接縫的寬度為二百至三百毫米的情況下，最大沉降差值不能大于三百毫米，且土工膜下方需要設置中埋式止水帶和相應的填縫材料，還要在沉降縫上設置外貼士止水帶，以保護外貼防水土工膜。